При рассмотрении уголовного дела в первой инстанции Ростовский районный суд 9 июля также освободил Бойко от уголовной ответственности за истечением сроков давности, но при этом переквалифицировал обвинение и признал его виновным в халатности (ч. 1 ст. 293 УК РФ). Бывший чиновник обжаловал приговор в областном суде, чтобы добиться прекращения уголовного дела по реабилитирующему основанию. Областной суд виновным Юрия Бойко не признал.
«Уголовное дело было, мягко говоря, очень странным. С самого начала я понимал абсурдность обвинений следствия. Я знал, что невиновен ни в каких злоупотреблениях. Суд смог в этом разобраться и прекратил уголовное дело. Спасибо суду за смелость и объективность!» — сказал Бойко «Коммерсанту».
Уголовное дело в отношении бывшего главы Ростова возбудили в сентябре 2017 года. Изначально Бойко проходил по делу свидетелем. Непосредственно в хищении обвиняется бывший депутат Ярославской областной думы Сергей Шмелев, чья фирма «Радострой» была подрядчиком при строительстве канализации. В апреле 2019 года Кировский районный суд Ярославля вернул дело в отношении экс-депутата в прокуратуру.
Именно по заявлению Шмелева в 2013 году СК возбудил дело о взяточничестве в отношении мэра Ярославля Евгения Урлашова. По этому делу Шмелев проходил потерпевшим. Урлашова в 2016 году приговорили к 12,5 годам строгого режима и штрафу в 60 миллионов рублей.
Юрий Бойко был главой Ростова с 2009 по 2012 год, став самым молодым градоначальником в истории России, а в 2015-2016 годах занимал пост заместителя губернатора Ярославской области.