Установлено, что в 2012 году сибирская транспортная полиция заключила с ООО «СМУ-21» контракт на капитальный ремонт базы флота МВД в речном порту Новосибирска. Сумма контракта составляла пять миллионов рублей. Марченко и директор «СМУ-21» Андрей Колокольников договорились, что ремонт будет выполнен с нарушениями, благодаря чему удастся «сэкономить». В частности, при ремонте не стали закупать песок и уплотнять грунт, хотя эти пункты расходов были прописаны в смете. В итоге Марченко и Колокольников присвоили большую часть выделенных денег – 3,5 миллиона рублей.
Кроме того, установлено, что Колокольников бесплатно выполнил ремонт в доме и бане Марченко. Взамен тот обеспечил «СМУ-21» победу в ряде аукционов, проводимых транспортной полицией. Стоимость ремонта, который следователи квалифицировали как взятку, оценивается в 60 тысяч рублей.
Колокольникова судили одновременно с Марченко, он получил четыре года колонии за мошенничество и дачу взятки.
Марченко не признал свою вину, назвав дело сфабрикованным. Он заявил, что ремонт базы флота был выполнен в полном объеме. Присутствовавшие в зале суда коллеги Марченко добавили, что он якобы не только не похитил деньги, но и наоборот вложил в ремонт базы свои личные средства. Что же касается ремонта дома и бани, то он, по словам Марченко, производился не бесплатно. После вынесения приговора адвокат экс-полицейского заявил, что намерен оспорить решение суда.
Колокольников вскоре после ареста признал вину и заключил сделку со следствием. Однако затем он отказался от признания и не выполнил условия сделки, в связи с чем она была расторгнута. В последующей беседе с журналистами бизнесмен заявил, что после ареста у него тяжело заболела мать. По его словам, он был готов оговорить себя и признаться в каких угодно преступлениях, лишь бы ему дали увидеться с ней. Однако, несмотря на сотрудничество со следствием, меру пресечения ему не изменили.
Марченко работал в МВД с 1995 года. Его называют ставленником Аркадия Иванова, который с 2010 года возглавлял сибирскую транспортную полицию. До 2010 года Иванов занимал аналогичный пост в управлении МВД Забайкальского края, а Марченко служил под его началом. Когда Иванова повысили, он перевел с собой Марченко. В мае 2015 года, вскоре после возбуждения дела в отношении Марченко, Иванова уволили без объяснения причин.
Источники издания «Годекан» в правоохранительных органах полагают, что именно увольнение Иванова было главной целью преследования Марченко. По словам источников, схема, в которой обвиняли Марченко, достаточно широко распространена, и при желании следователи могли уличить в подобных преступлениях и других сотрудников сибирской транспортной полиции. Однако для увольнения Иванова оказалось достаточно одного дела, поэтому других предполагаемых взяточников и мошенников преследовать не стали.