Со стороны президента Баканову противостоит глава Офиса президента Андрей Богдан.
Еще одна его претензия к Баканову — то, что он не согласовывает с командой президента назначения в СБУ и принимает кадровые советы от консультантов, среди которых главный военный прокурор Анатолий Матиос и замгенпрокурора Николай Банчук.
Зеленский назначил Баканова первым заместителем председателя СБУ 22 мая, однако позднее стало известно, что он должен будет исполнять обязанности главы ведомства Василия Грицака. Баканов — друг детства Зеленского и бывший юрист студии «Квартал 95», в которой работал Зеленский. Он также был главой партии Зеленского «Слуга народа».
В июне Зеленский пообещал «перезагрузить» антикоррупционные ведомства Украины, если не увидит результатов работы за три месяца. В администрации нового президента попросили «удовлетворить запрос людей на справедливость» и привели в пример скандалы в «Укроборонпром» и «Центрэнерго».