По версии следствия, Меламед в 2008 году организовал схему растраты средств госкорпорации, заключив договор об оказании консультационных услуг с инвестиционно-финансовой корпорацией «Алемар», совладельцем которой был Меламед. В результате компания в течение полугода получала средства от госкорпорации.
В защиту Меламеда выступил нынешний глава корпорации Анатолий Чубайс, который заявил, что он сам был инициатором тендера, который выиграл «Алемар». Чубайс утверждает, что он принимал решения, а Меламед уже не работал в госкорпорации и не являлся акционером «Алемара» к моменту заключения договора.
По версии следствия, в схеме участвовали также финансовый директор корпорации Святослав Понуров и заместитель гендиректора Андрей Малышев.
«Коммерсант» также узнал о движении в деле еще одного топ-менеджера корпорации — экс-управляющего директора «Роснано» по инвестициям Андрея Горькова. Басманный суд Москвы отказал в жалобе на действия следствия его адвокатам — те требовали прекратить против него второе уголовное дело, так как оно является частью первого расследования.
Следствие считает, что Горьков в 2011-2013 годах нанес корпорации ущерб в размере более 730 миллионов рублей, разместив средства компании в ООО КБ «Смоленский банк». Сначала ему предъявили обвинение в злоупотреблении полномочиями, повлекшем тяжкие последствия (ч. 2 ст. 201 УК РФ), однако позднее СК возбудил новое дело о причинении ущерба компании на 200 миллионов рублей в рамках не реализованного проекта по выпуску автоматизированных вакуумных установок.