Следствие установило, что обвиняемые узнали, что Пастушков может хранить в своем загородном доме крупную сумму денег, и начали следить за ним. Они похитили его в Москве и увезли подмосковный город Видное, где, в арендованном полузаброшенном частном доме, избивали и пытали экс-генерала, чтобы тот сказал, где прячет деньги.
По версии следствия, под пытками он рассказал, что закопал деньги на участке возле своего дома в деревне Младеново в Подмосковье. Получив указания, обвиняемые приехали в дом и выкопали семь пластмассовых контейнеров, в которых были упакованы пять миллионов долларов (или 315 миллионов рублей по курсу на июнь 2018 года). После того, как Гаджиев и Галушко забрали деньги, они вывезли Пастушкова из дома и высадили на дороге в Раменском районе.
В полицию об инциденте сообщили врачи, к которым обратился экс-генерал. Так как Пастушков пропал, Следственный комитет уже возбудил и расследовал уголовное дело о его убийстве (ст. 105 УК).
ФСБ задержала Гаджиева и Галушко, у них изъяли около 200 миллионов рублей. Остальные деньги они успели потратить на «новые машины, рестораны и девушек», пишет «Коммерсант». Сначала оба фигуранта признавали свою вину, но потом отказались от показаний и отказались общаться со следователем. Теперь они утверждают, что не участвовали ни в похищении генерала, ни в вымогательстве у него денег. Пастушков утверждает, что его похитили по ошибке, перепутав с кем-то из богатых соседей, а деньги на своем участке он не зарывал.
В 2018 году СК изъял у Пастушкова 1,2 миллиона долларов и пять миллионов рублей, а у его дочери Марии Скворцовой — еще 615 тысяч рублей. Суд установил, что Пастушков помимо заработной платы в ФСБ «имел иные источники, из которых он получал значительный доход».