По версии следствия, схему придумал в 2011 году глава Центрального научно-исследовательского института Минобороны в Твери Сергей Ягольников. По версии следствия, он также был фактическим хозяином АО «Радиотехнические и информационные системы воздушно-космической обороны» (РТИС), где работали его бывшие подчиненные, конструкторы ЦНИИ. Акциями компании владели сын и внук Ягольникова.
Ягольников передавал в РТИС контракты на опытно-конструкторские разработки, которые получал его институт в рамках гособоронзаказа, среди которых система автоматизированного управления воздушно-космической обороной, система защиты самолетов от поражения управляемыми ракетами.
В 2018 году в РТИС сменился гендиректор, им стал бывший начальник управления ЦНИИ ВКС Александр Храмичев. Изучив отчетность, он предположил, что сотрудниками числились десятки людей, которые были родственниками и знакомыми его предшественников.
Изначально предполагалось, что на фиктивных сотрудников записали 14 миллионов рублей, однако затем к обвинению добавили эпизод с хищением 110 миллионов рублей на еще одном проекте. В итоге объем похищенного вырос до 285,5 миллиона рублей.
«Мертвые души» эти деньги не получали, они лишь оформили на свое имя банковские карточки, которые сразу же отдали своим знакомым из РТИС. Источник «Коммерсанта» сообщил, что «мертвых душ» использовали для увеличения человеко-часов при выполнении опытно-конструкторских разработок. Их стоимость не оговаривается заранее, а рассчитывается по итоговым трудозатратам инженеров и конструкторов.