По версии следствия, в 2016-2020 годах при выполнении шести госконтрактов на строительство и реконструкцию засекреченных подземных бункеров для нужд Минобороны фигуранты дела похитили два миллиарда рублей. Детали контрактов неизвестны, так как на объекты строительства, упоминаемые в деле, наложен гриф «совершенно секретно». По данным источников «Коммерсанта», военные строители выполнили работы не в полном объеме.
Ранее суд перевел под домашний арест и второго обвиняемого по делу, экс-заместителя Андреева и предполагаемого организатора хищений Дмитрия Пипко. Следователи полагают, что формально «М-Строем» руководил Андреев, но фактическим хозяином фирмы был именно Пипко. Он частично признал вину.
Под стражей остается только третий фигурант дела, директор казанского филиала компании «М-Строй» Наиль Алиев. Он вины не признает.
В 2018 году Андрееву запретили выезд из России, но уже через три месяца после подписки о невыезде он оформил себе загранпаспорт. Его изъяли при обыске. Про Пипко следователи тоже ранее говорили, что он «может скрыться, в том числе за границей». Также, по версии следствия, Пипко пытался организовать коллективное противодействие следствию. В частности, он уничтожил электронную базу данных фирмы о купленных стройматериалах, свои мобильные телефоны и спрятал бухгалтерскую документацию. Подчиненным он поручил давать следствию обтекаемые ответы типа «не помню» и «затрудняюсь ответить», а также докладывать ему о своем участии в следственных действиях.
До своего ухода в бизнес майор Пипко командовал засекреченной военной частью, расположенной в здании Генштаба в Москве. Источники «Коммерсанта» полагают, что благодаря его авторитету и связям «М-Строй» получал выгодные заказы на строительство бункеров.