Власти России обязаны выплатить жене Магнитского Наталии Жариковой и его матери Наталье Магнитской, 34 тысячи евро (около 2,5 миллиона рублей). Жалобу в ЕСПЧ подал сам Магнитский в июле 2009 года — за четыре месяца до смерти. Он утверждал, что «его заключение неоправданно», говорится в решении.
Вдова Магнитского присоединилась к жалобе в марте 2010 года, она добавила, что в СИЗО, где содержался ее муж, ему не оказывали медицинскую помощь, из-за чего он умер. Мать присоединилась к жалобе в 2012 году и указывала на жестокое обращение с сыном со стороны сотрудников СИЗО и неэффективное расследование обстоятельств смерти. Она отдельно отмечала, что приговор сыну вынесли уже после его смерти и нарушает норму о презумпции невиновности.
В Минюсте заявили РБК, что не признал нарушения со стороны российских властей в части задержания и заключения Магнитского под стражу. «Европейский суд признал явную необоснованность жалобы на произвольный характер лишения Магнитского свободы, признав, что его задержание и заключение под стражу в полной мере соответствовали установленным конвенционным требованиям», — считают в ведомстве. Там также отметили, что ЕСПЧ не требовало пересмотреть приговор Магнитскому.
Сергей Магнитский работал в московском офисе консалтинговой компании Firestone Duncan и консультировал, в том числе, инвестиционный фонд Hermitage Capital Уильяма Браудера. В 2007 году МВД возбудило дело об уклонении от уплаты налогов компанией, в которую входил фонд Браудера.
Магнитский настаивал, что изъятые в ходе обысков силовиками документы использовали в мошеннической схеме, чтобы незаконно получить налоговые вычеты. Для этого три дочерние компании Hermitage Capital передали новому владельцу — компании Pluton Limited, которая подала заявления на возврат в общей сложности 5,4 миллиардов рублей.
В 2008 году Генпрокуратура возбудила по обращению Магнитского уголовное дело, однако после того, как дело перешло МВД, следствие установило, что за хищением из бюджета стояли Hermitage, Браудер и Магнитский. Магнитского обвинили в помощи Браудеру в уклонении от уплаты налогов. В 2013 году Тверской суд Москвы посмертно признал его виновным.