Стеценко фиктивно устроили на должность заместителя руководителя дирекции по организационно управленческой деятельности фонда, которую он занимал с июля 2017 по октябрь 2019 года. Также с июля 2017 по февраль 2018 года он числился ведущим специалистом департамента внедрения инновационных проектов ФГАУ и советником гендиректора этой же организации, а с декабря 2016 по июль 2017 года дополнительно был замгендиректора фонда по экономическим вопросам.
Следователи подсчитали, что с июля 2017 года по ноябрь 2018 года Стеценко получил в общей сложности зарплату и премии больше чем на девять миллионов рублей, хотя в действительности он в фонде не работал и никаких работ для организации не выполнял.
Следствие считает, что Ракова фиктивно трудоустроила Стеценко в сговоре с исполняющим обязанности гендиректора фонда Максимом Инкиным и его сообщниками из числа других руководителей организации.
Основное уголовное дело о мошенничестве в фонде, из которого выделили эпизод о фиктивном трудоустройстве, в августе возбудили по заявлению руководства организации. По версии следствия, Ракова с сообщниками похитила часть денег, выделенных фонду в 2019 году на госконтракты в рамках госпрограммы «Образование». Фонд, в свою очередь, в качестве субподрядчика привлек Московскую высшую школу социальных и экономических наук («Шанинка»). Работы по контракту не были выполнены. Хищения оценили в 21 миллион рублей. В «Шанинке» претензии отрицают и утверждают, что по невыполненным работам вуз выплатил фонду неустойку.
Помимо Раковой, в деле фигурируют также ректор «Шанинки» Сергей Зуев, бывшие сотрудники фонда и топ-менеджеры Сбербанка (там Ракова работала после ухода из министерства) Евгений Зак и Максим Инкин, а также бывший исполнительный директор «Шанинки» Кристина Крючкова.
Раковой и Заку также предъявили обвинение в мошенничестве на более чем 20 миллионов из-за фиктивного трудоустройства 12 сотрудников Минпросвещения в Институт общественных наук РАНХиГС, которым руководил Зуев.