Чоткараева задержали в конце ноября по делу о контрабанде 22 килограммов золота в 2017 году. По версии следствия, чиновник причастен к незаконному освобождению задержанных и выдачу изъятых ювелирных изделий. ГКНБ считает, что контрабандисты были в сговоре с бывшими сотрудниками ведомства. Одного из них уже задержали. Ранее Чоткараева допрашивали в качестве свидетеля.
В 2017 году главой ведомства был нынешний кандидат в президенты Абдиль Сегизбаев. Он заявлял, что задержание Чоткараева было попыткой сорвать сбор подписей в его поддержку, потому что экс-чиновник его координировал.
«Они начали дело, которое три года спокойно лежало, и перед выборами сначала вызвали его на допрос, а потом отправили в СИЗО», — заявил Сегизбаев.