В схеме мошенничества участвовали сотрудники Федерального медико-биологического агентства (ФМБА) — одно из крупнейших структурных подразделений Минздрава, говорится в документах, с которыми ознакомился «Дождь». Их имена и должности не называются. Через ФМБА проходили деньги на строительство медучреждений для сотрудников космодрома. Дело возбуждено по статье о мошенничестве в особо крупных размерах (ч.4 ст. 159). Источник «Дождя» в правоохранительных органах подтвердил расследование дела.
По версии следствия, сотрудники ФМБА заключили фиктивные контракты между подконтрольным ему предприятием «Федеральный центр по проектированию и развитию объектов ядерной медицины» и сторонними организациями на проведение проектно-изыскательных работ, в частности с компанией ООО «МосПромСтрой». Во время подписания контрактов в ФМБА понимали, что производственных мощностей компании не хватит, чтобы выполнить работы. Однако агентство все равно перевело 109 миллионов компании «МосПромСтрой».
В Роскосмосе, ФМБА и Следственном комитете на прокомментировали информацию «Дождя».
В 2017 году «Коммерсант» писал, что ФМБА была вовлечена в еще один скандал, связанный с хищениями. Петербургский НИИ вакцин и сывороток, подведомственный ФМБА, выделил 2,2 миллиарда долларов на проект производства вакцин для Никарагуа. Однако производство не налажено до сих пор.
В конце 2018 года Генпрокуратура сообщила, что возбудила более 140 уголовных дел по фактам нарушений закона при строительстве космодрома «Восточный». Ущерб составил 10 миллиардов рублей.