Махинации, по версии следствия, произошли в 2014–2018 годах при исполнении госпрограммы «Энергоэффективность и развитие энергетики», куда входило финансирование разработки информационной системы топливно-энергетического комплекса. Проект поручили «Российскому энергетическому агентству», которое тогда возглавлял Тихонов. Агентство получило на это субсидии на 968 миллионов рублей.
Следствие полагает, что из них при заключении контрактов на поставку оборудования похитили около 96,8 миллиона рублей. Большую часть отмыли через компанию «Эндевел» через фиктивные сделки. Затем фигуранты дела, по версии СК, подписали договор на 607 миллионов рублей на научно-исследовательские и конструкторские работы, однако на деле эти работы вели в самом РЭА. Похищенное легализовали через фирмы и банки в Чехии, офшоры в Сент-Ките и Невисе и Латвии.
В преступную группу, как полагают следователи, входило более десяти человек, в том числе гражданская жена экс-замминистра Валерия Коваленко.
Тихонов находится под арестом, а Коваленко — под домашним арестом. Коваленко, в отличие от остальных фигурантов, отрицающих вину, сразу после задержания при попытке уехать за границу дала признательные показания. Она рассказала, как и куда уходили похищенные средства. Однако, по данным «Коммерсанта», позднее подозреваемая перестала сотрудничать со следствием. Всего восемь фигурантов находятся в СИЗО или под домашними арестами, а другие числятся в разряде «не установленных следствием лиц» или уже умерли.
Следствие арестовало две квартиры гражданских супругов в Москве рядом с Патриаршими прудами и особняк в поселке Николина Гора на Рублевском шоссе. Следствие также обнаружило апартаменты в «Москва-Сити», загородный дом в Финляндии, оформленные на родственников бывшего замминистра. У Валерии Коваленко нашли квартиру в Монако, а также отель и коктейль-бар Martini Lounge Cafe в Лугано в Швейцарии.
Расследование в отношении Тихонова родилось из другого уголовного дела — в отношении бывшего директора проекта информационной системы топливно-энергетического комплекса Романа Щербова. Его заподозрили в вымогательстве взятки в 40 миллионов рублей. По данным издания, показания Щербова, пошедшего на сделку со следствием, помогли выявить хищения, которые организовал Тихонов.