Обвинения предъявлены по статьям о превышении должностных полномочий (ст. 286 УК) и заведомо ложном доносе (ст. 306 УК).
Первый эпизод связан с тем, что Арашуков договорился с бывшим начальником центра «Э» МВД Карачаево-Черкесии Тимуром Бетугановым и бывшим и.о. главы регионального управления Следственного комитета Казбеком Булатовым, что они помогут скрыть его причастность к убийствам зампреда движения «Адыгэ Хасэ» Аслана Жукова и кандидата в президенты Карачаево-Черкесии Фраля Шебзухова.
Эпизод о ложном доносе связан с жалобой на пытки одного из фигурантов дела Арашуковых, директора филиала «Газпром межрегионгаз Ставрополь» Гузера Хашукаева. Бывший топ-менеджер еще в 2018 году пожаловался омбудсмену Татьяне Москальковой, что к нему применял электрический ток замначальника центра «Э» по СКФО Рустам Жилетежев. Следствие полагает, что Хашукаев оговорил Жилетежева по наводке Арашукова.
ФСБ задержало Бетуганова и Булатова в апреле 2019 года. По мнению следователей, они были приятелями сенатора и занимались оперативным сопровождением убийств, в которых подозревают Арашукова. Через несколько дней после ареста Арашуковых Булатов уволился из СК.
Рауфа Арашукова задержали 30 января 2019 года во время заседания Совета Федерации. Позже арестовали и его отца, советника главы «Газпром Межрегионгаза» Рауля Арашукова. Следствие предъявило сенатору обвинение в двух убийствах и давлении на свидетеля. По версии следствия, он также входил в преступное сообщество отца.
Арашукова-старшего обвиняют в хищении природного газа у «Газпрома» на более чем 30 миллиардов рублей. Оба фигуранта вину не признают.