США внесли Кельменди в черный список, считая, что он руководил сетью по доставке и сбыту героина, протянувшейся от Афганистана до Европы. Его арестовали в 2013 году по запросу Боснии и Герцеговины, однако не экстрадировали в связи с отсутствием дипотношений между двумя странами.
По версии боснийских следователей, группировка Кельменди занималась наркоторговлей, контрабандой сигарет, отмыванием денег и ростовщичеством. При этом в СМИ звучали предположения о том, что его связи в среде политиков некоторое время ограждали его от судебного преследования.
Делом Кельменди затем занимались сотрудники EULEX (Миссия Евросоюза по обеспечению законности и правопорядка в Косове). Следователи миссии обвинили Кельменди в убийстве в 2007 году бывшего боснийского полевого командира Рамиза Делалича. Согласно материалам суда, его ликвидировали за передачу властям Боснии сведений о Кельменди, а также за попытку наладить собственный наркобизнес.
Несколько свидетелей на суде по делу Кельменди рассказали о его главенствующей роли в отлаженной структуре наркосиндиката, с 90-х годов промышлявшего на территории, которая включала Центральную Азию, Балканы и Западную Европу.
Обвинения в обороте наркотиков предъявили Кельменди и в Боснии. В частности, его подозревают в связях с латиноамериканскими наркокартелями.
Как передает портал Balkan Insight, Кельменди прокомментировал свое судебное дело словами о том, что «весь процесс [против него] сфабрикован», и уверял, что никогда не торговал наркотиками.
После нескольких эпизодов домашнего ареста, тюремного заключения и выхода под залог судьи согласились вычесть период с мая 2013-го по июнь 2017 года из общего срока заключения для Кельменди.