29 мая Мухтарлы исчез с улицы в Тбилиси, а затем нашелся уже в бакинской тюрьме. Журналист утверждает, что его похитили, завязали глаза и перевезли через границу. У следствия другая версия: он якобы сам незаконно пересек границу с Азербайджаном, имея при себе незадекларированные десять тысяч евро, и применил силу против сотрудника погранохраны.
Мухтарлы сбежал в Грузию в 2014 году после получения угроз, связанных с его журналистским расследованием возможной коррупции в Министерстве обороны Азербайджана. Перед исчезновением из Тбилиси в мае он собирал информацию о грузинских активах семьи президента Азербайджана.
В пятницу Мухтарлы появился на заседании Балакенского районного суда впервые после трагической гибели его сестры, племянника и племянницы 31 декабря в результате, как считается, утечки бытового газа в их квартире. Сейчас ведется расследование этой трагедии.
Один из присутствовавших на пятничном заседании суда сообщил, что Мухтарлы выглядит «опечаленным, но старается держаться».
Исчезновение журналиста в Грузии и появление его затем в Баку, а также весь ход судебного процесса вызывают недоумение у правозащитников, коллег Мухтарлы и европейских институтов.
15 июня 2017 года Европейский парламент принял резолюцию с требованием к Азербайджану «незамедлительно и без предварительных условий снять все обвинения с Афгана Мухтарлы и освободить его».
Европейский суд по правам человека сейчас изучает жалобу журналиста.
Впервые с начала процесса суд рассмотрел официальные документы грузинских властей, касающиеся исчезновения журналиста из республики.
Однако эти документы были лишь заявлениями, давно размещенными на сайтах МВД и Генпрокуратуры Грузии. В них говорится о проводимых следственных мероприятиях. После их перевода азербайджанский гособвинитель запросил больше времени для изучения документов.
Тем временем адвокаты журналиста подали повторный протест в связи с тем, что врачебное обследование их подзащитного не проводилось в течение 40 дней после его ареста, хотя они требовали провести его немедленно, что, по их мнению, подтвердило бы факт избиения Мухтарлы. Через 40 дней следы побоев уже не видны.
Следующее слушание по делу Мухтарлы назначено на 11 часов 12 января.