Суд согласился с позицией защиты фигурантов дела, которые утверждали, что в утвержденном Генпрокуратурой обвинительном заключении много ошибок и они не позволяют рассматривать дело по существу.
По версии следствия, ФГУП «Атэкс», с которой ФСО в 2012 году заключил контракт на строительство и реставрацию резиденции на 5,7 миллиарда рублей, не исполнило его условия. Часть выделенных на работы средств со счетов «Атэкса» и другого подрядчика, компании «Стройфасад», их руководители перевели фирмам-однодневкам, обналичили и использовали «по собственному усмотрению». Они также завышали цены на стройматериалы.
Изначально следствие оценивало причиненный мошенничеством ущерб в 225 миллионов рублей, однако к концу следствия он составил уже 1,3 миллиарда рублей.
Суд решил, что следствие не смогло определить признаки преступного сообщества и не привело доказательства их участия в ОПС. Там отметили, что к материалам уголовного дела приобщены документы, из которых следует, что Федеральная служба охраны вообще не считает себя потерпевшей стороной, так как «нареканий к объектам президентской резиденции, которые функционируют исправно и в полном объеме, нет». По версии суда, ФГУП «Атэкс» ФСО не может являться «структурным подразделением ОПС», как настаивает следствие.
По делу, помимо представителей подрядчиков, проходят также высокопоставленные сотрудники ФСБ: экс-начальник службы инженерно-технического обеспечения ФСО генерал Игорь Васильев, начальник отдела инженерно-технического обеспечения спецслужбы полковник Дмитрий Улитин. Как отмечает «Фонтанка», Васильев обладал правом электронной подписи в отношениях ФСО с подрядчиками. Он также известен научным пособием о грамотной трате денег при госзакупках.
В 2017 году Следственный комитет присвоил делу гриф «совершенно секретно», сославшись на то, что сведения о работах составляют гостайну.