По версии следствия, Лопырев получал взятки от бизнесменов, взамен помогая им заключать и исполнять госконтракты на строительные и ремонтные работы. В обмен на «откаты» бизнесмены получали возможность строить и ремонтировать объекты ФСО в Сочи. Всего генералу вменяются две взятки на общую сумму около семи миллионов рублей, предположительно полученные в 2013-2014 годах. Также генерала, по некоторым данным, обвиняют в незаконном обороте оружия, но подробности этого обвинения не раскрываются.
Лопырева задержали в ноябре 2016 года, суд поместил его в СИЗО. После этого он был снят с должности. В ходе обыска у него дома и в доме у его сына обнаружили примерно один миллиард рублей наличными в разных валютах. Также в рамках расследования суд наложил арест на имущество генерала – квартиры в Москве и Сочи, земельный участок в Ленинградской области, загородный дом и два автомобиля: Porsche Cayenne невестки генерала и Mercedes его жены. Следствие ходатайствовало также о наложении ареста на квартиру в Санкт-Петербурге, но это ходатайство суд отклонил.
Свидетелем по делу Лопырева, по информации СМИ, проходит мэр Сочи Анатолий Пахомов. Под его руководством проходили все олимпийские стройки в Сочи. Строительство объектов ФСО в 2013-2014 годах также, по некоторым данным, имело отношение к Олимпиаде.
Сам Лопырев вины не признает и обвиняет бизнесменов-взяткодателей в оговоре. По его словам, уголовное дело стало результатом его разногласий с новым главой ФСО Дмитрием Кочневым. Последний был назначен главой службы в мае 2016 года. До этого ФСО на протяжении 16 лет возглавлял Евгений Муров, с которым у Лопырева были хорошие отношения.
В то же время некоторые СМИ указывают, что Муров был уволен после возбуждения громкого дела о хищениях при реконструкции резиденции президента РФ «Ново-Огарево». Реконструкцию проводило ФГУП «Атэкс», подведомственное ФСО. СМИ делают вывод, что не Кочнев спровоцировал преследование Лопырева из личной неприязни, а наоборот – Муров мог покрывать его из-за приятельских отношений. Когда же руководитель ФСО сменился – Лопырев лишился поддержки сверху.
О биографии Лопырева известно мало. Он родился в 1954 году в Невеле Псковской области, отслужил в армии, окончил вуз, после чего начал работать в КГБ. Северо-кавказское подразделение ФСО Лопырев возглавил в 2003 году, причем с назначением его поздравил лично губернатор Краснодарского края Александр Ткачев (ныне занимает пост министра сельского хозяйства).
Генерал Лопырев стал самым высокопоставленным военнослужащим, задержанным по подозрению в коррупции со времен распада СССР.