По версии следствия, главный конструктор системы Андрей Нечаев оплатил создание системы, хотя она была не до конца готова, чем причинил МВД ущерб на 1,4 миллиарда рублей. Следователи установили, что нанятые заказчиком специалисты не доделали как минимум три важнейших компонента ИСОД: систему «Следопыт М» для оперативников угрозыска, сервер «Мост» закрытой связи с МВД с Генпрокуратурой и общеполицейскую базу данных «Модернизация». В связи с этим СКР возбудил в отношении заказчика уголовное дело о злоупотреблении должностными полномочиями (ст. 285 УК РФ) и добился ареста обвиняемого.
Источники «Коммерсанта» пишут, что у следствия было несколько версий произошедшего: что Нечаев сделал это, чтобы выслужиться перед начальством и что он сделал это за взятку. Источник издания утверждает, что следователи в итоге не смогли доказать в суде незавершенность системы. Эксперты установили, что система ИСОД в целом была запущена в установленные сроки — в 2014–2016 годах. Через нее территориальные и профильные подразделения МВД смогли передавать информацию защищенным способом. Отдельные компоненты системы продолжают модернизироваться, как и было установлено в контракте.
Источники издания также рассказали, что руководитель следственной группы, старший следователь главка по расследованию особо важных дел СКР Алексей Донсков сообщил бывшим обвиняемым о прекращении их уголовного преследования по телефону. Он сказал, что у него нет времени объяснять подробности, так как он начал расследовать катастрофу SSJ 100 в аэропорту Шереметьево, в которой погиб 41 человек.
Из документов, которые позднее получили адвокаты, следовало, что следователь Донсков больше не усматривает в действиях бывших обвиняемых состава преступления. Воспользуются ли оправданные фигуранты дела правом на компенсацию ущерба, пока неизвестно. Адвокат Нечаева сообщил, что его подзащитный планирует вернуться на госслужбу.
