По основной версии хорватских правоохранительных органов, причиной смерти Фунтова стал суицид — он перерезал себе вены, лежа в ванне. Рядом с телом найдена предсмертная записка. Впрочем, проверка всех обстоятельств гибели экс-полковника продолжается.
Погибший был фигурантом дела о мошенничестве. По версии следствия, в 2005 году Фунтов и другой полковник, Сергей Лучанинов, создали при госкомпании «Воентелеком» Центр анализа электромагнитной совместимости (ЦАЭС), а также основали Центр прикладных информационных проблем радиоэлектроники, информатики, автоматизации (ЦПИП РИА) при одном из ведомственных институтов. Через эти структуры из «Воентелекома» было незаконно выведено 211 миллионов рублей.
Расследование махинаций началось в 2009 году. Вскоре после этого Фунтов и Лучанинов скрылись за границей. В 2011 году суд вынес приговор трем оставшимся фигурантам дела — главе ЦПИП РИА Зигмунду Федуковичу, совладельцу и главному бухгалтеру этой организации Юрию Величко и еще одному бывшему полковнику Валерию Смольникову. Всех их приговорили к реальным срокам лишения свободы.
Фунтов в 2016 году прибыл в Хорватию через Украину, Румынию и Болгарию по паспорту на имя румынского подданного Мариуса Чиботару. Вскоре экс-полковника арестовали, суд принял решение о его экстрадиции в Россию. Но Фунтов добился отмены этого решения в Верховном суде Хорватии. Одновременно он попросил власти страны о политическом убежище, уверяя, что в России его ожидает несправедливое судебное разбирательство. Несмотря на это, в конце 2017 года суд снова санкционировал экстрадицию полковника. По словам хорватского адвоката Фунтова, после этого его клиент перестал отвечать на звонки. Тем не менее, 15 января адвокат снова обжаловал решение об экстрадиции.
Местонахождение Сергея Лучанинова до сих пор остается неизвестным. По некоторым данным, он может скрываться на Украине, так как является уроженцем Харькова.
