По версии следствия, Силяков узнал, что авиастроительному заводу «Сокол» нужны четыре планера-истребителя МиГ-31, которые находились на мобилизационном резерве и вошли в перечень разбронирования для последующей продажи. Он уговорил руководство авиазавода не участвовать в торгах, пообещав передать им самолеты. С помощью знакомого оценщика он занизил цену на планеры до 147 рублей за штуку и организовал продажу фирме-посреднику. Через ряд коммерческих фирм планеры в итоге перепродали авиазаводу «Сокол».
Силякова также обвиняли в хищении 35,8 тысяч тонн топочного мазута из госрезерва, хранившегося на Автозаводской ТЭЦ. Следствие установило, что его перепродали по заниженной цене как не соответствовавший госстандарту.
Общий ущерб по двум эпизодам следствие оценило в 1,3 миллиарда рублей.
Адвокаты Андрея Силякова утверждали, что в деле не установлен предмет хищения. В показаниях свидетелей и документах фигурировали не планеры истребителей (свободная продажа боевой техники запрещена), а некие узлы и агрегаты монтажного комплекса. Вывод, что под этими запчастями значились планеры МиГ-31 и авиационные пушки рыночной стоимостью в миллиард рублей, сделал привлеченный следствием эксперт Торгово-промышленной палаты.
Жена осужденного Татьяна Силякова утверждает, что следствие выдало устаревшие запчасти за боевые самолеты, а по эпизоду с разбронированием и продажей топливного резерва в уголовном деле просто были подложены сторонние паспорта качества от другой партии мазута из Уфы. Она вместе с адвокатами подавала жалобы на следователя и эксперта за фальсификацию доказательств и экспертного заключения.
