По версии следствия, Дерев похитил более 110 миллионов рублей путем незаконного возврата налога на добавленную стоимость в 2007–2010 годах, когда подконтрольные ему компании «Меркурий-2» и «Киево-Жураки АПК» заключили контракты на строительство свиноводческих комплексов в Карачаево-Черкесии и Адыгее. Следователи установили, что стоимость работ завысили , чтобы затем незаконно возместить НДС за счет бюджета.
Для своей схемы Дерев создал организованную группу, в которую входили его подчиненные Бэлла Джилаканова, Вагоршак Амбарцумян, Аслан Папшуов, Реарита Акбаева, Вера Гиренко и Апчар Патова.
СК передал дело в Генпрокуратуру для утверждения обвинительного заключения.
В январе 2016 года Дерева написал заявление об уходе из Совфеда по собственному желанию. Срок его полномочий истекал в марте 2016 года. Его назначили сенатором в апреле 2011 года. Бывшего сенатора задержали в марте 2018 года. Он провел под арестом год, в марте 2019 года суд отпустил его из-под стражи.
Дерев заявлял, что уголовное дело против него стало местью за показания против другого сенатора от Карачаево-Черкесии Рауфа Арашукова, по которому он проходил свидетелем.
Арашуков рассказывал, что Дерев на очной ставке утверждал, что сенатор убил зампреда общественного молодежного движения «Адыгэ-Хасэ» Аслана Жукова из-за того, что активист «плюнул в его портрет». Сам Арашуков вину не признает. «Он [Дерев] дал такие нелепые показания, потому что у меня с ним неприязненные отношения», — отметил Арашуков.
