В СИЗО Ковалева провела два года и девять месяцев. По версии следствия, преступное сообщество, в которое она входила, в 2015 организовал бывший руководитель администрации главы Хакасии и офицер ФСБ в отставке Владимир Бызов. Члены сообщества организовали схему, когда договоры на приобретение медикаментов и медицинского оборудования через систему госзакупок заключали с подставными компаниями в обмен на откат от 10 до 20% от суммы контракта. Размер хищений за 2015-2016 годы следствие оценило в 195 миллионов рублей.
Всего в группу входило 10 человек, среди которых чиновники республиканского «Межведомственного центра организации закупок», региональный представитель фармацевтической компании и несколько предпринимателей. В частности, за победу в электронных аукционах входящие в группу предприниматели передали участникам сообщества 79 миллионов рублей наличными и автомобиль стоимостью 1,6 миллиона рублей. Всего эти предприниматели планировали выплатить за покровительство своих компаний более 146 миллионов рублей.
При обысках в гараже у Ковалевой и в кабинете Бызова следователи нашли около 40 миллионов рублей.
Под стражей остаются четыре фигуранта дела, в том числе Владимир Бызов. В феврале 2018 года его приговорили к девяти годам лишения свободы за получение взятки в 46 миллионов рублей от предпринимателя, которому Бызов обещал содействие при заключении госконтрактов на поставку медоборудования. Бызов возглавлял администрацию главы Хакасии с 2014 по 2017 годы.
